こんにちは。
どこかでちらっと読んできた情報なのですが、SSOも同居している場合にはスイッチオーバー毎にこのコマンドを発行する形になるみたいですね。
ですので、おっしゃるとおりの動作なのかなと...
KBにあるコマンドはActiveな方でのみ動作するコマンドなので、FailOverする都度Activeな方の情報がコピーされたPassiveの方のSSOで不整合が起きるということが推察されます。
ただ、仮想環境の時には発生しないということなので、物理特有の問題なのかもしれませんね。
お力になれなくてすみません。