Hola
Confirma que sea esx y no esxi, que se realiza de forma distinta.
En el caso del esxi si sería posible realizarlo con el último paquete, pero en esx vas a necesitar no solo el paquete de la última update sino los paquetes adicionales que te vas a tener que descargar desde la fecha de emisión de la update que tienes en ejecución (si vienes de la u1, al aplicar la u3 debería aplicar todos los parches intermedios, pero no se porqué no lo hace y es mejor tener los parches independientes a mano)
Se que es algo tedioso pero no es mala la idea de descargar todos los paquetes desde la fecha y ponerlos a disposición de la SC por web o ftp para invocar desde el script de esxupdate.
De todas formas, ¿no te saldría mejor actualizar a esxi 4.1 por reinstalación directamente? Esx va a salir de soporte en breve.
Saludos